人类对自己身体的探索从未停止，古希腊名医，有着医学之父之称的希波克拉底曾描述过一种直肠诊视器，该诊视器与我们今天所用的器械十分相似。进入20世纪随着科技的进步，内窥镜开始了快速的发展。

从20世纪90年代初开始，超声内镜引导下的介入诊断和治疗技术逐步应用于临床，并取得了蓬勃发展，成为消化道、胆胰疾病诊疗不可或缺的技术手段。1990年，日本原田等报道了超声内镜下穿刺法的基础研究，经内镜下食管静脉穿刺成功地对犬的食管旁淋巴结进行针吸活检。

1992年Vilmann等首次报道了内镜超声引导下胰腺病变的细针吸取细胞学检查，即通常所说的EUS-FNA（Endoscopic ultrasonography guided fine needle aspiration）。此后，EUS引导下细针穿刺活检拓展到经支气管针吸活检。EUS特别是EUS引导下的介入诊断技术在某些方面（如微小病灶诊断，病变性质判定，肿瘤分期准确性等）已展现出CT、MRI、ERCP、MRCP等影像学技术难以比拟的优势，可与现有其他影像技术联合提高诊断准确性。

随着临床应用的不断深入，超声内镜技术的发展也日新月异。例如，基于CCD/CMOS图像传感器的电子胃肠镜取代纤维胃肠镜，使超声内镜的光学图像分辨率也得到了显著提升；具备更大超声视野的纵轴扫描超声内镜、提供更大钳道的超声内镜的开发，使EUS引导下的介入诊疗更加便捷；具有三维重建功能、二次谐波成像、造影谐波成像及弹性成像功能的新技术也在超声内镜中得到应用。

此外，目前超声内窥镜的超声图像处理器能够支持普通B超、彩色多普勒超声成像、二次谐波超声成像、造影谐波成像、超声弹性成像、三维超声成像等多种成像模式。未来超声内窥镜还将可能与虚拟导航、共聚焦激光扫描显微成像、光学相干层析成像、光声成像等技术结合或深度整合，拓展超声内窥镜的临床应用领域。

目前国外超声内窥镜技术的发展和临床应用已经比较成熟。无论国际或国内，超声内窥镜市场基本都被日本三大内窥镜厂商垄断。

Olympus是国际上最早开展超声内窥镜研发的公司之一。早在1980年，Olympus即与Aloka合作研制了机械环扫式超声探头。Olympus还推出了世界首台兼容机械扫描与电子扫描的超声图像处理器EUS-ME1。目前，Olympus是拥有规格最多、种类最全的电子扫描超声内窥镜图像处理器、镜体及微探头的厂商。

Fujifilm通过收购Sonosite开始超声内镜研发，并推出了具有自己特色的超声内镜主机、镜体及微探头系列产品。例如，其超声内镜图像处理器SU-8000兼容环阵和线阵电子超声内镜，同时提供独有的穿刺引导线，保证穿刺的准确性。

Pentax的超声内窥镜镜系统采用Hitachi的超声换能器及超声系统HI VISION Preirus，其超声图像质量高，但镜体操控性稍差。

开立医疗2017年推出了国产首台电子环扫超声内窥镜EG-UR5样机，现已取得CE认证，使开立医疗成为继日本三大内镜厂商之后国内首家、世界第四家掌握超声内镜关键核心技术的医疗器械企业。